- Micropénis : en fait, il ne s’agit pas d’une anomalie car ce n’est, chez la plupart qu’une rétraction en arrière de l’organe à l’état flasque. Mais c’est une contre-indication à la circoncision en bas-âge qui pourrait porter préjudice au développement et à la fonction de l’organe ultérieurement.

- Malformation du méat urinaire : il y a différentes sortes de malformations du méat qui requièrent, le plus souvent, une intervention chirurgicale.

- Rotation de la verge : c’est une malformation innée qui n’est découverte, dans la plupart des cas, qu’une fois le gland est mis à découvert. La circoncision ne peut ni la causer ni la réparer.

- Gland de couleur bleue : beaucoup d’enfants présentent un gland qui vire normalement au bleu foncé. Ceci est dû à la structure spongieuse du tissu qui constitue le gland. Quand le sang y circule lentement, l’hémoglobine s’appauvrit en oxygène ce qui rend le sang plus foncé.

- Courbure de la verge : c’est une malformation au niveau des corps caverneux qui constituent l’organe. Elle n’a pas de conséquence sur la fonction de l’organe ultérieurement. Avant la circoncision, elle est souvent sous-estimée par les parents qui croient, à tort, que c’est liée à la posture de l’organe dans les couches ou le caleçon. Mais après la constatation de l’anomalie après la circoncision, celle-ci est vite incriminée.

- Adhérences balano-préputiales plus ou moins importantes qui nécessitent l’opération du décalottage. C’est cette opération qui provoquera, inévitablement, la lacération du gland et donc l’apparition de zones rouges foncées et suintantes plus ou moins importantes (voir « ce qui est habituel après la circoncision »). Il est déconseillé aux parents d’essayer de faire le décalottage eux-mêmes car il y a des risques graves.